El Miso es un alimento obtenido de la fermentación de la soja sola o con un cereal. En Japón existe una gran variedad de misos, resultado de siglos de tradiciones culturales y artesanales. Tradicionalmente los misos se usan para reforzar el intestino y regenerar la flora intestinal.
El alga kombu (llamado "dashima" en coreano o "haidai" en chino) semejante a una judía verde, es originaria de Japón y constituye una de las más utilizadas.
El tekka es un condimento de origen japonés realizado a base de diversos ingredientes tradicionales: hatcho miso (63,3%), pasta de sésamo (9,6%), aceite de sésamo (7,9%), raíz de loto (6,3%), zanahoria (6,3%) y bardana (6,3%).
Las dietas vegetarianas y veganas pueden mejorar la microbiota. Sin embargo, actualmente no está claro si los efectos positivos asociados con estas dietas pueden atribuirse a la falta de ingesta de carne.
El daikon, en japonés "raiz grande", es un rábano grande de color blanco que es especialmente rico en vitaminas y minerales.